Đã có những giả thuyết đưa ra để giải thích về nguyên nhân xảy ra sự kiệt tuyệt chủng này, nhưng tất cả vẫn còn là những thách thức chưa có lời giải:

• Đó là sự biến đổi khí hậu từ từ, sự dao động mực nước biển hoặc ảnh hưởng của quá trình axít hóa đại dương[6] trong suốt Trias muộn đạt đến đỉnh điểm. Tuy nhiên, giải thích này không lý giải được sự tuyệt chủng một cách đột ngột trong đại dương.
• Tác động của thiên thạch/tiểu hành tinh, nhưng cho đến nay không có các hố va chạm nào có kích thước đủ lớn đã được xác định tương ứng với ranh giới Trias-Jura. Hố Rochechouart bị mài mòn ở Pháp được định tuổi gần đây nhất là 201 ±2 triệu nămo,[7] nhưng với bề rộng 25 km (có thể ban đầu đạt 50 km), xem ra vẫn quá nhỏ.[8]
• Các vụ phun trào núi lửa lớn, đặc biệt là các dòng lũ bazan ở Central Atlantic Magmatic Province (CAMP) có thể đã giải phóng carbon dioxit hoặc sulfur dioxit và các sol khí, có thể là nguyên nhân gây nên sự ấm lên toàn cầu mạnh mẽ (đối với CO2) hoặc sự lạnh đi (đối với sol khí).[9][10]